Структурата на лечебното заведение е функционална, от линеен тип. Йерархично е опростена, без да има управленски постове от висок тип. Вътрешните взаимовръзки се определят от йерархични нива на отделните структурни елементи, при ясно определени задължения и правомощия, базирани на утвърдени вътрешно фирмени правила.
Дружеството се управлява от управител в съответствие с разпоредбите на Наредба за управление и упражняване правата на собственост върху общинската част от капитала на търговските дружества.

І. Диагностично-консултативен блок

1. Приемно-консултативен кабинет – осъществява прием и консултации на болни с неспецифични белодробни заболявания.
2. Фтизиатричен приемен кабинет – осъществява прием, консултации и последващо диспансерно проследяване на болни с различни форми на туберкулоза.
3. Детски пневмо-фтизиатричен кабинет: осъществява диагностика и консултации на деца – контактни или съмнителни за наличие на различни форми на туберкулоза.
4. Медико-диагностична лаборатория: включва клинична лаборатория и микробиологична лаборатория.
5. Белодробна функционална лаборатория за изследване на дишането.
6. Лаборатория по медицина на съня.
7. Отделение за образна диагностика – осъществяващо рентгенова диагностика на белодробни заболявания.
8. Бронхологичен кабинет – за инвазивна диагностика на белодробни и плеврални болести.
9. Патоморфологична лаборатория – с осъществяване на дейност чрез договор с КОЦ – В. Търново.
10. Болнична аптека –  по договор с МОБАЛ „В.Търново“
11. Регистратура.

ІІ. Стационарен блок
1. Пневмологичен сектор с 35 легла, в това число за интензивно лечение – 5 легла;

В пневмологичния сектор – освен Управителя и Началника на пневмо-фтизиатрично отделение, работят:

д-р Полина Княжева – инфекционист;
д-р Росица Димитрова – алерголог;
д-р Петър Йорданов – интернист;
д-р Емил Сергев – интернист;
д-р Моника Маринова – педиатър;
д-р Красимир Колев – кардиолог;
д-р Владимир Николов – реаниматор;
д-р Александар Милошев – бронхолог;
д-р Мартин Стефанов – специализант по пневмология и фтизиатрия;
д-р Ибрахи Йигит;
д-р Цвета Илиева – специализант по пневмология и фтизиатрия;
д-р Калоян Милушев – специализант по пневмология и фтизиатрия;

2. Фтизиатричен сектор с 18 легла;

Във фтизиатричния сектор работи:
д-р Полина Княжева – пневмо-фтизиатър, началник сектор;

3. Сектор за долекуване с 10 легла.

ІІІ. Административно стопански блок
1. Финансово-счетоводен отдел
2. Човешки ресурси
3. Спомагателни дейности

Устройството, дейността и вътрешният ред на Специализираната болница са уредени в Правилник за вътрешния ред на лечебното заведение.